国家戦略特区のヒアリングに加計学園の幹部が出席していた問題。周知のように、2016年6月、国家戦略特区ワーキンググループが愛媛県と今治市からヒアリングをおこなった際、加計学園の幹部3名が同席していたにもかかわらず、公開されている議事要旨にそのことが伏せられていたのだ。さらには、発言内容を一部削除することで、発言主旨を真逆に書き換えるという議事録の改竄まで行われていたことも明らかになった。
これまで安倍首相らは「すべてオープンになっている」などとして議事録を根拠に選定過程の透明性を主張し、WGの八田達夫座長も「一点の曇りもない」などと説明してきたが、この政府の前提が改竄の事実により完全に崩れさったわけである。