脳の仕組みを解明するには，個々の脳細胞の詳しい観察と，脳全体の大規模な研究を組み合わせる必要があるだろう。一般に使われている光学的な撮影法では，不透明な脳組織の奥を見ることができない。細胞膜の水と脂肪分子の界面で光が散乱されてしまうためだ。この脂質を取り除き，脳のパーツをその場に保持する物質で置き換える新手法が開発された。邪魔な障壁を越えた内部を透かし見る窓となる。「ハイドロゲル埋め込み法」と総称される方法で，その先駆けがCLARITY法だ。様々な行動をコントロールしている特定の神経回路の配線を調べることが可能になっている。